生物有机肥可以大大提高肥效。许多的化肥与生物有机肥在一起的时候，生物有机肥可以吸收化肥加以贮存，可以有效防止流失。另外，还可以促进生物有机肥的腐熟，肥效大大提高。

    生物有机肥可以减小化肥产生的副作用。如果单单使用化肥较多的情况，会导致土壤水溶度较高，不利于作物的水分吸收，甚至烧根。如果使用生物有机肥配合使用的话，这一问题则不会发生。此外，日过长期使用酸性化肥，土壤自然会变酸性，会对作物有害。如果加入有机肥，可以防止土壤酸化，有利于作物成长。在秸秆还田和施用未腐熟生物有机肥时，加入化学氮肥，可以避免作物因早期缺氮而影响生长而供应的速度要缓慢，而且禾谷类作物成熟阶段需要同时提供硝态氮和铵态氮，生物有机肥料能够做到这一点。

    由于生物有机肥所含的养分比较多且全面，含有丰富的有机质，可以提高土壤的有机物水平。不但可以供给作物，而且可以供给土壤微生物以氮、磷、钾等养分，有机肥以及维生素和生长激素等。对土壤有长期的深远意义。